Njegova trpeljivost učini ogroman utisak na građane, zbog čega oni počeše diviti mu se i žaliti ga, i zbog čega i spuštahu cenu hrama svoga skoro ni do čega, samo da bi on ostao u životu. Najzad ga pustiše na slobodu, i jedan po jedan opet svi primiše pouke od njega i povratiše se u veru Hristovu.

Za vreme svoga molčanja u pešteri Jovan napisa mnoge korisne knjige, od kojih je najslavnija, i dan-danas mnogo čitana Lestvica, u kojoj se opisuje metod uznošenja duše k Bogu kao uz neku lestvicu.

Vraćajući se jednom iz Carigrada, Ipatije bi napadnut u jednom tesnacu od jeretika, Novatijana, i otisnut s druma u neko blato. U tom jedna žena iz te družine udari ga kamenom u glavu, i tako svetitelj skonča svoj zemaljski život. No ona žena najednom poludi, i uze onaj isti kamen i udaraše njime samu sebe...

Prispev u Sveti Grad htede i ona ući u crkvu da se pokloni Časnom krstu, ali je neka nevidljiva sila zadržavaše i ne davaše joj ući. U velikom strahu pogleda ona u ikonu Presvete Bogorodice u pritvoru i moljaše se Njoj, da joj dopusti ući i celivati Časni Krst ispovedajući grešnost i nečistoću svoju, i obećavajući da će posle poći tamo kamo je Sveta Prečista bude uputila. Tada joj bi dopušteno ući u crkvu.