Приспев у Свети Град хтеде и она ући у цркву да се поклони Часном крсту, али је нека невидљива сила задржаваше и не даваше јој ући. У великом страху погледа она у икону Пресвете Богородице у притвору и мољаше се Њој, да јој допусти ући и целивати Часни Крст исповедајући грешност и нечистоћу своју, и обећавајући да ће после поћи тамо камо је Света Пречиста буде упутила. Тада јој би допуштено ући у цркву.

Враћајући се једном из Цариграда, Ипатије би нападнут у једном теснацу од јеретика, Новатијана, и отиснут с друма у неко блато. У том једна жена из те дружине удари га каменом у главу, и тако светитељ сконча свој земаљски живот. Но она жена наједном полуди, и узе онај исти камен и удараше њиме саму себе...

За време свога молчања у пештери Јован написа многе корисне књиге, од којих је најславнија, и дан-данас много читана Лествица, у којој се описује метод узношења душе к Богу као уз неку лествицу.