По казивању једног старог лепавинског хроничара, манастир Лепавина је подигнут око 1550. године, дакле ускоро по формирању првих српских насеља у овом крају. Још се каже да га је основао монах из манастира Хиландара поријеклом из Херцеговине - Јефрем (Вукодабовић), који склањајући се испред Турака криомице дође у овај крај.

Чувши за њега, два калуђера из Босне дођоше к њему и с њим се удружише.

Видјевши да је околина плодна, они позваше и народ из Босне те се за кратко вријеме околина испуни новопридошлим народом. Тада се појавила и потреба за градњом манастира који би задовољавао вјерске потребе народа. Калуђери почеше крчити земљу и градити манастир уз помоћ народа. За крако вријеме саградише малу дрвену цркву и назваше је манастиром.Чувши за ово, Турци из Ступчанице, Пакраца и Бијеле у августу 1557. године нападоше на манастир под командом Зареп-аге Алије.

Манастир спалише, четири калуђера убише, а двојицу одведоше у ропство. Али, мисао о потреби манастира као духовног центра новодосељених Срба није била напуштена. Године 1598. у манастир је дошао јеромонах Григорије, такође пострићеник манастира Хиландара, са још два брата из манастира Милећева; они су са околним народом почели обнову манастира. Због несигурног времена и недостатка средстава, обнова је текла доста споро.

Тек кад су Срби 1630. године добили своје привилегије и постали важан фактор у обрани унутрашњих аустријских земаља, те доласком архимандрита Висариона 1635. године, стварају се услови за градњу манастира у правом смислу ријечи. Срби су под руководством архимандрита Висариона 1636. године почели темељну изградњу манастира Лепавине и 1642. године су са том изградњом били готови поред свих тескоћа на које су наилазили...

Септембра 1642. године потврдио је барон Иван Галер манастиру право власништва на све земље које су му поклонили сељани Брањске и Сесвечана. То исто су нарочитим писмима учинили и барон Зигмунд Ајбеславд, затим војвода Гвозден са Ђорђем Добројевићем , Блажом Пејасиновићем и војводом Радованом (5. фебруара 1644.), барон Хонорије Траутмансдорф (10. јула 1644.) и гроф Ђорђе Људевит Сварценберг (23. новембра 1644.). Тако је коначно осигуран живот овог манастира. Од тада у пуном замаху почиње његова вјерска, патриотска и културно-историјска улога у животу наших Крајишника.

Историја манастира Лепавине неодвојиво је повезана са историјом Срба у Вараждинском генералату. Од времена њене обнове водила се тешка борба против унијачења и покатоличења, а то је уједно значило и против покмећивања Срба Крајишника. У одбрани своје вере и народних привилегија (Статута Валахорум) лепавински калуђери су били уз народ, борећи се и страдајући са њим.

Године 1666. учествовали су они и страдали у великој Осмокруховићевој буни; 1672. су заједно са гомирским калуђерима (укупно њих 14) били у оковима послани на Малту, да доживотно робују на галијама, а 26./13. новембра 1715. године на прагу манастирске цркве је из пушака убијен игуман Кодрат.

Крајем 1692. године и почетком 1693. боравио је у Лепавини, као духовном центру Срба у Вараждинском генералату, патријарх Арсеније ИИИ. Чарнојевић. Ту је Патријарх окупљао народ и свештенство и из манастира одлазио у посјете околним крајишким војводама. Ова Патријархова посјета још је више подигла углед манастира Лепавине, нарочито у то вријеме кад су у Марчу уведени унијати. У Лепавини су се често састајали народни представници да са својим родољубивим калуђерима брину народну бригу и траже излаз из тешких ситуација.

Зато, кад су Срби из Вараждинског генералата успјели да 1734. године добију свог православног епископа, мимо унијатског (који је у Марчи сједио без пастве), било је одређено да сједиште новог епископа буде у Лепавини. Али, због њеног географског положаја, будући да се налазила на периферији генералата и српских насеља, коначно је одређено да сједиште епископа буде у Северину.

Због великог значаја Лепавине нова је епархија добила назив Лепавинско-северинска епархија. У Лепавини је и сахрањен први лепавинско-северински епископ Симеон (Филиповић), који је умро у истражном затвору у Копривници.Половином 18 вијека саграђена је данашња манастирска црква. Иницијатор је био ранији "протопоп хорвацки" Никола Поповић, који се као парох писанички овјековјечио градњом велике и лијепе цркве у Писаници, а тада је већ као лепавински архимандрит Никифор руководио градњом данашње цркве манастира Лепавине. Довршену цркву осветио је 25. марта 1753. костајничко-зринопољски епископ Арсеније (Теофановић), који је готово стално боравио у Северину. Црква извана има особине барока, али је у унутрашњој конструкцији сачувала много елемената старог српско-византијског стила. Црква је касније дотјеривана и уљепшавана.

За историју манастира Лепавине нераскидиво је везана чудотворна икона Пресвете Богородице Лепавинске. Настанак ове иконе датира с почетка 16. вијека и дјело је непознатог аутора. Икони се с разлогом приписују чудотворне исцјелитељске моћи.Нарочиту вриједност добила је манастирска црква 1775. године јер је тада у њој умјетнички иконостас израдио један од најбољих сликара раног српског барока, Јован Цетиревић-Грабован.

Рад је углавном финансирао, поред осталих приложника, фелдмаршаллајтнан Михаил Микашиновић. У спомен на то, под иконом светог Јована био је извајан његов грб са натписом: "Михаил Микашиновић г. фелдм. лаит.". То је био један од најуспјелијих Грабованових иконостаса.

На жалост, он је уништен у вријеме II свјетског рата. Од његових икона сачувале су се само три, од којих су двије јако оштећене. Ипак, оне свједоче о високом умјетничким квалитетама тог иконостаса. Икона је остало и из ранијих времена, као сто су иконе светог Симеона Немање, светог Саве и икона Ваведења Пресвете Богородице, које су израђене у Лепавини 1647. године.

Поред иконографских споменика, нарочиту вриједност у Лепавини представљају старе рукописне и штампане књиге. Међу најстарије спадају два четверојеванђеља, из 13. и 14. вијека, од којих је једно српско-рашке, а друго македонске редакције, оба са лијепим иницијалима.

У Лепавини нису само чуване донесене књиге, него и писане, преписаване и понављане. Другачије није могло ни бити кад је манастир морао задовољавати културне потребе одашњих Срба. Ту је била школа не само за образовање манастирског подмлатка, него и подмлатка свештенићког уопште, као и оних младића који су стекавши овде писменост и основна звања одлазили у војну службу или продужавали школовање у Бечу, Пешти и другдје. Све је то високо подигло углед манастира Лепавине те је народ о великим празницима, а нарочито о храмовним славама, долазио у великом броју, ту се Богу молио и тако испуњавао душу своју благодаћу Божјом, која му је давала снагу да истраје.

У току вијекова улога манастира била је велика. Он је увијек дијелио тешку судбину свога народа, често страдајући са њим. Најтежи ударац примио је за време 2. свјетског рата. Одмах послије окупације братство је похапшено и одведено у логор. Јеромонах Јоаким (Бабић) је убијен, а остали монаси су протјерани у Србију.

Дана 27.октобра 1943.године манастир је по налогу Нијемаца бомбардован. Том приликом су готово сасвим уништене манастирске зграде, а цркве и конак тешко оштећени. Иконостас и намјештај у цркви био је сав уништен и спаљен, а у преосталом дијелу манастирског конака остао је сачуван дио манастирске библиотеке.

Доласком и залагањем Његовог Високопреосвештенства Митрополита Јована (Павловића) на Епархију загребачко-љубљанску 1977. године, манастир Лепавина полако враћа свој некадашњи значај. Високопреосвештени, коме је ова светиња посебно драга, не жали ни труда ни времена да у њу врати истински манастирски живот. Веза са манастиром Хиландаром поново је оживјела 1984. године доласком оца Гаврила (Вучковића) - Хиландарца у манастир Лепавину, што је још више умножило заузимање и труд Митрополита Јована.

Свјетски савјет цркава, Евангелски омладински дио из Виртенберга и вјерници Евангелистичке цркве из Стутгарта на челу са сестром Урсулом изразили су жељу да учествују у обнови манастира, что им је Високопреосвећени и омогућио. Али, рат који је избио 1991. године спријечио их је да своју жељу спроведу до краја, одгодивши њено коначно остварење за нека боља времена. Данас је у манастиру Лепавини, захваљујући пожртвовном раду игумана Архимандрита Гаврила (Вучковића), духовни живот у успону. Братство Манастира заједно са игуманом издаје свој манастирски часопис "Пут, Истина и живот", као двомјесечно издање, којим настоји да врати вјеру у душе парохијана и свих оних који траже истински духовни живот.

Током 2007. године осликана је капела Тихона Задонског. Осликавање је урадио Николај Мухин познати руски фрескописац са својом екипом.