U zgradi Mitropolije zagrebačko - ljubljanske, Dežalićev prilaz 4. pored sjedišta mitropolije i muzeja, bila je smještena i eparhijska biblioteka, koja je dijelom potpuno uništena u miniranju zgrade mitropolije u noći 11. aprila 1992. godine.

Od književnog blaga koje se uspjelo spasiti, uređuje se nova eparhijska biblioteka ulica Preobraženjska br. 2. sa oko 6000 hiljada naslova.Trenutno je uređenje biblioteke u fazi katalogizacije i kompjuterske obrade naslova.

Nova biblioteka Mitropolije zagrebačko-ljubljanske smještena je u ulici Preobraženjska br. 2 /I. i biće zatvorenog tipa (neće se pozajmljivati knjige), ali zbog bogatstva književnog fonda biće otvorena za sve posjetioce (čitaonica).

U skorije vrijeme očekuje se otvaranje potpuno obnovljene i uređene biblioteke Mitropolije zagrebačko-ljubanske.